营救艾斯
鲁夫藏匿于汉考克的衣物中，秘密登上海军军舰，借助海军专用海流“盆子海流”潜入深海大监狱“推进城”。为营救艾斯，他在汉考克的协助下潜入了海底监狱。在前往“Lv.5”的途中，他遭遇了“Mr.3”和“Mr.2”。由于巴其和“Mr.3”急于逃狱，“Mr.2”便与鲁夫一同前往“LV5”。
决战推进城署长
“监狱强的男人”、推进城署长麦哲伦召集全部战力在“LV4焦热地狱”迎战鲁夫。鲁夫与麦哲伦激战，终战败被送入“LV5极寒地狱”。濒死之际，他被“Mr.2”救出，并接受了新人类乐园“人妖王”艾波利欧·伊娃柯夫的救助。
拯救艾斯
伊娃柯夫得知鲁夫为革命军首领多拉格的儿子后，决定帮助鲁夫前往“Lv.6”营救艾斯。他们释放了王下七武海“海侠”吉贝尔、“Mr.0”沙·克洛克达尔等囚犯，增强了战力。在途中，他们遭遇了背叛全球的“黑胡子海贼团”。黑胡子虽被麦哲伦击败，但推进城狱卒长却救了他们。
马林梵多对决篇（漫画：第550－第580话／动画：第459－）
艾斯处刑前的准备
距离艾斯处刑时刻仅剩不到三小时，海军本部马林梵多集结了众多实力强大的海军。前锋由五位王下七武海和海军本部三大将分别镇守。艾斯被公布为海贼王哥尔·D·罗杰的儿子。四皇白胡子艾德华·纽盖特率领新全球四十七艘海贼舰队入侵马林梵多，准备营救艾斯。
激战火海
随着海贼团船长小奥兹·Jr的英勇表现，白胡子海贼团成功攻入内湾。为此，海军本部打算提前处决艾斯。鲁夫与推进城内241名犯人及时赶到，并与白胡子联手拯救艾斯。经过激烈战斗，鲁夫成功救出艾斯，并与他一起对抗海军。
赤犬的挑战与艾斯的牺牲
白胡子决定掩护所有旗下海贼撤退，而鲁夫和艾斯则面临赤犬的挑战。艾斯的攻击被赤犬的岩浆所伤，终为了救鲁夫而惨遭赤犬贯穿身体。鲁夫深受打击，此时黑胡子带着推进城四名传说中的囚犯突然出现于海军本部。随着白胡子的死亡和黑胡子的野心展现，这场大海贼时代的战役达到了高潮。
掀起新时代动荡序幕篇（漫画：第581－第597话）
新时代的序幕
随着海军本部与白胡子之间的战争结束，新时代的动荡悄然拉开序幕。白胡子临终前再次提及无可挑剔的大秘宝“One Piece”确实存在于全球上，这掀起了新一轮的大海贼时代。随着信息的传播和局势的变化，未来的大海贼全球将迎来更多的挑战和机遇。
『白胡子』逝世后，新全球『四皇』的『红发』杰克、海道、BIG MAM面临着三大势力互相制衡被打破的新局面，而『黑胡子』亦为此新局面的催生者。『死亡外科医生』罗帮助鲁夫及甚平动完急救手术，让他们暂时保住性命。而后汉考克带鲁夫回女儿岛养伤，伊娃等人则回了人妖国「卡玛帕卡」。
马林福特方面，战国收到「推进城」被彻底捣毁的消息——麦哲伦遭到黑胡子一伙人的袭击而身受重伤。『黑胡子』在Level6举行厮杀大赛，并将后活着强的4名囚犯带走，而其余的囚犯几乎都消失不见。战国欲下达通缉令时，却受到『全球』的压力，得封锁Level6囚犯越狱的消息，战国因而气愤不已。
同时刻在同一地点，月光·摩利亚遭遇到多弗朗明哥的刺杀而身受重伤。这时，多弗朗明哥说出比战国更高层的人士下达命令，认为摩利亚已经没有足够的能力继续背负「王下七武海」的称号，要将其从七武海中抹杀掉。克洛克达尔要带自己的同伴前往新全球；巴其则和自己原来的同伴重逢，但却在此时收到的信件（从Mr.3表情中，似乎是一件令人惊讶的讯息）。超新星们也都进入了新全球，开始了新的冒险。
鲁夫的同伴亦陆续得知鲁夫的消息，一开始皆想用各种方式回到当初约好的 * 点－夏波帝诸岛。但鲁夫由于雷利的提案返回海军本部敲响「奥克斯大钟」吊唁已故的白胡子和艾斯，一伙人在报纸上看到鲁夫身上的纹身「3D(X)2Y」（传达只有伙伴才知道的特殊讯息），得知等待上膜完成的三天之约改为两年之约，也为了鲁夫，增强自己的实力，便各自修练决定2年后重聚夏波帝诸岛。 第二部：后之海新全球篇 2年后草帽一伙聚集篇（漫画：598－602） 2年后的鲁夫，在汉考克的送行下，准备回到夏波帝群岛。鲁夫的伙伴也陆续回到夏波帝群岛，但由于两年来与外界完全失联，夏波帝群岛开始出现了一群无赖冒充草帽一伙人在岛上作威作福，还正大剌剌的在招募伙伴，此举引来了海军的关注并出动兵力到夏波帝诸岛。在海军揭穿仿草帽一伙人后，便出兵前往42GR却被草帽一伙在2年前所待的岛上的人拦截，使得海军没抓到草帽一伙，此时镀膜船也准备好了，草帽海贼团正式出发前往鱼人岛。 鱼人岛篇（漫画：603－） 鲁夫等人正式潜入深海，发现到夏波帝群岛的下面全是巨大的树干。佛朗基告诉鲁夫他们原来，巴索罗缪·大熊是革命军的干部，并一直帮助他们的人，在佛朗基到船之时发现原来大熊一直都在守护着千阳号，雷利还说，巴索罗缪·大熊在战争背后，能保护住千阳号，当作被全球改造的条件，佛朗基还特地声明，巴索罗缪·大熊是他们的「大恩人」。这时两亿的新人卡里布也潜到海中，准备在千阳号厮杀一番，却发现自己不敌草帽一伙（替卡里布拉船的海牛以前曾被鲁夫等人痛打一轮，因此当卡里布一人上了千阳号后认出鲁夫等人并暴走了，遗下卡里布一人在千阳号上），马上跪地求饶，接着被草帽一伙绑起来，后来他们随着向下的海流看到了一只大章鱼，鲁夫似乎想把它驯服起来当宠物饲养。ONPIECE”在故事中为“一个大秘宝”之意。故事描述男主角‘草帽’蒙其·D·路飞为了当上“海贼王”而踏上“伟大航道”及与其伙伴的经历。传说中‘海贼王’哥尔·D·罗杰在死前说出他留下了具有财富、名声、力量全球第一的宝藏“ONE PIECE”，许多人为了争夺“ONE PIECE”，争相出海，许多海贼开始树立霸权，而形成了“大海贼 第491集：顶上之战落幕，为了救活并藏匿路飞，女帝将路飞一行带回女儿岛进行救治，并由甚平照顾路飞。本集末尾，路飞苏醒过来，想起艾斯的牺牲，痛哭流涕。 第493集：藉由痛哭流涕的路飞，镜头回到10年前的风车村，开始讲述路飞和艾斯初相遇的故事。
